英語で「お元気ですか」を表現する方法は意外とたくさんあります。最もシンプルなのは'How are you?'ですが、これだけだと少し形式的に感じることも。友達同士なら'How's it going?'とか'What's up?'みたいにカジュアルな言い回しが自然ですね。
丁寧な場面では、'How have you been?'が過去からの継続を意識させて好感が持てます。ビジネスシーンでは'How do you do?'が非常にフォーマルですが、少し堅苦しい印象もあるので、'I hope you're doing well'と希望形にすると柔らかさが加わります。状況に応じて使い分けられるといいですね。