このことわざのルーツを辿ると、古代中国の思想書『易経』にまで遡ります。『同気相求む』という表現が元になったと言われていて、似た性質を持つものは自然と引き寄せ合うという意味合いでした。
日本に伝わったのは奈良時代あたりで、当初は『類は集まる』といった表現だったようです。平安時代の随筆『枕草子』にも似たような表現が見られますが、現在の形に近づいたのは江戸時代から。当時の人情本や滑稽本で頻繁に使われるうちに、『類は友を呼ぶ』というリズムの良い形に定着しました。
興味深いのは、西洋にも『Birds of a feather flock together』というほぼ同じ意味のことわざがある点。人類に普遍的な真理なのかもしれませんね。