「Take care of yourself」は自然な表現で、上司にも使える丁寧なフレーズだと思う。特にイギリス英語圏では、この言い回しがよく使われる。
もう少しフォーマルに伝えたいなら、「I hope you feel better soon」も良い選択肢。病後や体調不良時に特化した表現で、心配しているニュアンスが伝わる。
「Please don't push yourself too hard」は、無理をしないでほしいという気持ちを込められる。仕事熱心な上司に対して使うと、より具体的な配慮を示せるだろう。