「問題ございません」を英語で表現する場合、場面によってニュアンスが変わりますね。
カジュアルな会話なら『No problem』が定番です。友人同士のやり取りや、ちょっとしたお礼への返事としてよく使われます。『Thanks for helping me』に対して『No problem』と返す感じです。
もう少し丁寧に言いたいときは『Not a problem at all』が良いでしょう。特にビジネスシーンで、クライアントからのリクエストに応えるときなどに使えます。『I'll need this by tomorrow』と言われたら『Not a problem at all』と返すとプロフェッショナルな印象を与えます。
『It's perfectly fine』も便利な表現です。相手が心配していることや謝罪に対して、『大丈夫ですよ』というニュアンスを込めたい時にぴったり。『Sorry for the short notice』に対して『It's perfectly fine』と返せば、相手を安心させられます。