英語で「陰ながら応援しております」に近い表現はいくつかありますが、場面によってニュアンスが変わります。
'I'm rooting for you behind the scenes' は直訳的ですが、応援している気持ちを強調したい時に使えます。スポーツ選手やアーティストに向けて、表立っては言わないけれど心からサポートしているという意味合いになります。
'Cheering for you quietly' も良い表現で、声を大にしては言わないけれど、静かに見守っているという優しさが伝わります。友人や同僚が新しい挑戦をする時など、押し付けがましくない応援を伝えたい時にピッタリです。
これらの表現は、日本語の「陰ながら」が持つ控えめで温かいニュアンスを英語でも再現しようとしたものです。文化の違いはありますが、相手を思いやる気持ちは言語を超えて通じるものがありますね。