英語で丁寧なニュアンスを伝えるなら、'Thank you for taking the time despite your busy schedule'がぴったりですね。特にビジネスシーンでよく使われる表現で、相手の時間を尊重しつつ感謝の気持ちも伝わります。
ネイティブの友人に聞いたところ、'I appreciate you making time for this'も自然だそうです。こちらの方が少しカジュアルで、取引先よりは同僚や知人向け。状況に応じて使い分けるのがポイント。
英語って日本語のニュアンスをそのまま訳すのが難しいですが、この2つなら相手に失礼なく伝えられます。実際に海外のクライアントとのメールで使ってみたら、とても好印象でしたよ。