「本意ではない」を英語で表現する時、ニュアンスによって使い分ける必要があります。'I didn't mean it'は最もカジュアルで、日常会話でよく使われる表現です。友人とのちょっとした言い争いで、悪気がなかったことを伝える時にぴったり。
一方、'It was unintentional'はよりフォーマルな響きがあり、ビジネスシーンで誤解を解きたい時に適しています。例えば、メールの文面で相手を不快にさせた場合などに使えますね。
文化的背景を考えると、英語圏では直接的な表現を好む傾向がありますが、日本的な「本意ではない」のニュアンスを伝えるには、'That's not what I intended'のように、意図と結果の乖離を明確に説明する表現が効果的です。