翻訳の世界って本当に奥深いんですよね。'夜分に失礼いたします'を英語で表現する場合、直訳すると'Excuse me for disturbing you late at night'ですが、文化的なニュアンスを考えるともっと自然な表現があります。
英語圏では時間帯に関わらず、一般的に'I apologize for the late hour'とか'Sorry to bother you at this time'がよく使われます。ビジネスメールなら'My apologies for contacting you outside of normal hours'とも書けます。