英語で『玉に瑕』を表現するなら、『a fly in the ointment』という表現がピッタリですね。このフレーズは、一見完璧に見える状況や物事の中に潜む小さな欠点を指すときに使われます。例えば、『The new smartphone is amazing, but the battery life is a fly in the ointment』といった感じで使えます。
面白いことに、この表現は聖書の『伝道の書』に由来しているんです。古代から人々が『完璧に見えるものにも欠点はある』と感じていたのが伝わってきますよね。他にも『the rotten apple spoils the barrel』(腐ったリンゴが樽全体をダメにする)という表現も、一部の欠陥が全体に影響を与える様子を表していて、『玉に瑕』のニュアンスに近いかもしれません。
文化によって欠点の捉え方も違っていて、日本語の『玉に瑕』は『美しいものの中のわずかな欠点』という美意識が感じられますが、英語の表現はどちらかというと実用的な視点から欠点を捉えているように思います。