私は普段、読み手の反応を想像しながら訳語を選ぶ。実用的で分かりやすい候補なら、'Scary stories that get scarier when you understand them' が無難で伝わりやすい。もう少し短く自然な表現を求めるなら、'Creepy stories that become frightening once you get the meaning' や 'Stories that are scarier once you understand them' といった言い回しも使える。
語感の問題で「scary」と「creepy」のどちらを選ぶかは重要だと感じる。前者は直截的でホラー全般に使えるが、後者はじわじわ来る不気味さに向く。投稿の文脈や英語圏の読者層に応じて、短めのタグ風にするなら 'Creepy stories with twist meanings'、フォーマルに説明するなら最初に挙げた長めの訳を使うといい。