Thank you for your prompt responseという表現はビジネスメールでよく使われますが、状況によってニュアンスを変えるとより自然です。
取引先から予想より早く返信が来た時には、'Thank you for getting back to me so quickly'とすると温かみが出ます。特に緊急の案件に対応してもらった場合は、'I truly appreciate your swift action on this matter'と具体性を持たせるのが効果的。
定型文になりがちな場面でも、'Your timely response helped us move forward smoothly'のように、相手の行動がもたらした良い結果を添えると、単なるお礼以上の意味が込められます。