Thank you for your prompt responseという表現はビジネスシーンでよく使われる定番フレーズですね。特にメールのやり取りでは、この一言があるだけで相手への感謝の気持ちが伝わり、コミュニケーションが円滑になります。
私が海外の取引先と仕事をしている時、このフレーズに加えて『I truly appreciate your quick action on this matter』と続けることがあります。こうすると、単なる定型文以上の誠意が感じられると先方からよく言われます。状況に応じて『prompt』の代わりに『swift』や『timely』を使うバリエーションも覚えておくと便利です。