英語で「なるほど失礼」のニュアンスを伝えるなら、'My apologies, I see now' が近いかもしれません。
この表現は、誤解や失礼に気づいた瞬間の反省と理解を示す組み合わせです。例えば、誰かの立場を誤解して発言した後、真意を知って詫びる場面で使えます。'I see now'が「なるほど」の気付きを、'My apologies'が「失礼」の謝罪をカバーしています。
状況によっては 'Now I understand, sorry about that' とも言い換えられますが、前者の方が少しフォーマルな印象。友達同士なら 'Oops, got it now!' と軽めにすることも。大事なのは、理解と謝罪の両方の要素を自然に織り込むことですね。