『Attack on Titan』のエレンが壁外調査で仲間を失った時の心情や、『Clannad』の岡崎朋也が父親との関係に感じる複雑な後悔を表現するには、結局複数の単語を組み合わせる必要があります。『A sense of deep personal shame mixed with regret』のように、形容詞句で表現するのが現実的な解釈でしょう。
「忸怩たる思い」という言葉、日本語ならではの複雑な感情を表す表現ですね。英語で一番近いのはおそらく"a pang of conscience"とか"a twinge of guilt"あたりでしょう。
でも実は、このニュアンスを完全に伝えるのは結構難しいです。"Remorse"や"Regret"は後悔の意味が強すぎるし、"Shame"はもっと外向きの恥ずかしさ。日本語の「忸怩」には、自分の中でもやもやと煮詰まるような感覚が含まれていますよね。
個人的には、"I felt a creeping sense of unease about what I'd done"なんて言い回しがしっくりくる気がします。特に『ノルウェイの森』を読んだ後、この感情を英語でどう表現するかずっと考えていたんです。翻訳版では"a deep-seated awkwardness"と訳されている部分もありました。