英語表記では一般的に 'Rafa' と綴られることが多いです。カタカナの「
ラファ」は音節的に ra‑fa と分解されるため、アルファベットにすると最も自然なのがRafaで、スペイン語圏やポルトガル語圏で使われる愛称として広く定着しています。
個人的な感覚だと、正式なフルネームが存在する場合はその綴りに従うのが無難です。例えば選手名のように公式記録があるケースではフルネームが'Rafael'や'Raphael'と書かれ、それを短縮してRafaと呼ばれることが多いです。私もテニスの話題で'Rafael'と書かれたプロフィールに対して親しい表現としてRafaが使われているのを見て、ラファ=Rafaの印象が強まりました。
例外としては、出自がアラビア語由来だったり、別の慣習がある場合に表記が変わることがありますが、一般的な英語表記としてはやはり'Rafa'が最も標準的で誤解が少ないと感じています。