Dari sudut pandang sejarah lokal, pemberontakan Kahar Muzakkar tidak bisa dilepaskan dari kekecewaan mendalam terhadap pemerintah pusat pasca kemerdekaan. Banyak bekas pejuang kemerdekaan di Sulawesi Selatan merasa diabaikan, termasuk dalam integrasi tentara lokal ke TNI. Kahar sendiri adalah simbol dari frustrasi ini—dia melihat Jakarta sebagai terlalu Jawa-sentris dan mengkhianati semangat federalisme awal.
Ditambah lagi, ketidakpuasan terhadap pembagian kekuasaan dan sumber daya memicu sentimen separatis. Gerakannya awalnya bukan tentang Islamisasi, tapi lebih pada perlawanan terhadap ketimpangan struktural. Baru di fase akhir pemberontakan, narasinya bergeser ke pembentukan negara Islam, yang justru mengurangi dukungan rakyat.