Talagang kahanga-hanga kung paano ang 'Noli Me Tangere' ay puno ng maraming makapangyarihang tema na tumatalakay sa kalagayan ng lipunan noong panahon ng kolonisasyon. Isang pangunahing tema ay ang paglabag sa karapatang pantao, na makikita sa mga karanasan ng mga karakter tulad ni Crisostomo Ibarra. Sa kanyang pagbabalik sa Pilipinas, dala niya ang mga ideya ng pagbabago, ngunit ang kanyang mga pagsisikap ay nahaharangan ng mga mapang-aping institusyon at tao. Ang tema ng sosyal na hindi pagkakapantay-pantay ay labis na mahigpit na nakatali sa kwento, kung saan ipinapakita ang hirap ng mga Pilipino sa ilalim ng pamumuno ng mga dayuhang Espanyol at kahit ng mga taong sarili nilang katagalugan.
Mayroon ding malalim na simbolismo sa relihiyon, kung saan, sa kabila ng pamamayani ng Simbahang Katolika, maraming taong nagtiis sa hindi pagkakaunawaan at pagmamalupit. Ginagawa nitong tanongin ang pananampalataya ng tao at ang kanilang moral na kompas. Ang pananampalataya pati na rin ang pagtatanong sa mas mataas na kapangyarihan ay nagdadala sa mambabasa sa isang mas malalim na pagninilay. Samahan pa ng mga tema ng sakripisyo at pag-ibig, gaya ng nakikita sa kwento nina Ibarra at Maria Clara. Ang mga karanasan ng mga tauhan ay nagpapakita na ang tunay na pag-ibig ay may kaakibat na sakripisyo, at kadalasang nagmumula sa pagnanais na makamit ang mas mataas na kabutihan.
Sa kabuuan, ang 'Noli Me Tangere' ay hindi lamang isang kwento ng pag-ibig o pakikibaka; isa itong salamin na nagmumuni-muni sa mga tema ng kawalang-kasiyahan, pagsasamantala, at ang pagnanais na maabot ang kalayaan mula sa atake ng mas malalakas na puwersa. Ito ay mahigpit na nananatiling mahalaga hanggang sa kasalukuyan, lalo na sa mga panahon ng paghahanap ng katarungan at pagbabago.