Isang nakakaintrigang aspeto ng kwento ni Maria Clara ay ang mga sekreto na nakapaligid sa kanyang pagkatao at ang konteksto ng kanyang buhay. Sa isang banda, si Maria Clara ay simbolo ng puridad at kabutihan sa 'Noli Me Tangere' ni Rizal, ngunit mayroon siyang mga lihim na dapat talakayin. Una, ang kanyang tunay na pagkatao at ang kanyang pinagmulan ay isang malaking lihim. Ang kanyang pagkakaalam sa kanyang pagkatao ay hindi ganap, dahil sa mga pagkakataon, nagiging biktima siya ng mga pangyayaring hindi niya nakokontrol. Minsan, sa likod ng kanyang kahinhinan, may mga paninindigan at damdamin na hindi niya maipahayag, kaya't nagiging sanhi ito ng kanyang internal na laban.
Pangalawa, ang kanyang relasyon kay Ibarra ay puno ng mga nakatagong damdamin at mga hindi sinasadyang pangyayari. Palaging nasa hangganan ng tamang asal at damdamin, tila may mga pagkakataon na nais niyang ipakita ang mas malalim na damdamin para kay Ibarra, ngunit ang mga inaasahang mga panuntunan ng kanyang lipunan ay naglalagay sa kanya sa isang saradong kahon. Ang kanyang pagtanggi at labis na pag-aalaga sa kanyang pamilya ay nagiging sanhi ng kanyang pagkaramdam na nag-iisa. Sa huli, iyon ang sanhi ng kanyang madilim na mundo kung saan ang lahat ng kanyang mga desisyon ay pinal na napagsisihan, sa kabila ng magandang mabuting asal na ipinamamalas niya.
Kaya, sa habang ang kanyang buhay ay tila isang klasikong kwento ng pag-ibig at sakripisyo, sa likod nito ay mga lihim at mga damdaming nag-aagaw at naglalaban, na nagbibigay ng mas malalim na pang-unawa sa kanyang karakter at sa mga konteksto ng kanyang mga desisyon. Hindi lang siya simpleng babaeng bayani, kundi isang taong puno ng kompleksidad na maaaring ma-relate ng sinuman na nasa isang matinding sitwasyon. Ang tunay na misteryo ay maaaring hindi siya isang tunay na biktima, kundi isang miyembro ng kanyang komunidad na may sariling mga pangarap at sakripisyo.