Isa sa mga pinaka-maimpluwensyang aklat ni Jose Rizal ay ang 'Noli Me Tangere'. Sinasalamin nito ang kanyang malaon nang pagnanais na ipakita ang mga hindi makatarungang kalagayan ng mga Pilipino sa ilalim ng kolonyal na pamamahala ng mga Espanyol. Sa kanilang mga mata, ang kanyang mga tauhan ay hindi lamang mga simbolo kundi buhay na representasyon ng reyalidad at pakikibaka ng kanyang bayan. Nagtatampok ito ng mga karakter tulad nina Crisostomo Ibarra at Maria Clara, na nag-iwan ng hindi malilimutang mga aral tungkol sa pag-ibig, sakripisyo, at nasyonalismo. Ang pagkakaroon ng ganitong malalim na pagsusuri sa lipunan ay talagang nakapagbukas ng isipan sa mga mambabasa noon at hanggang ngayon.
Pangalawa, nandiyan ang 'El Filibusterismo', na siyang ka sequel ng 'Noli Me Tangere'. Ang aklat na ito ay mas madilim at mas mapanghamon, na naglalayong ipakita ang mga pagkaubos na dulot ng kolonyal na pang-aapi. Dito, ang karakter na si Simoun, na siyang pangunahing tauhan, ay nagsisilbing simbolo ng rebolusyonaryong pag-iisip. Ang kakayahan ni Rizal na ipakita ang pagkakaiba ng pag-asa at kawalan nito ay talagang kahanga-hanga. Mahalaga ang mga aklat na ito, hindi lamang dahil sa kanilang literaryong halaga kundi dahil sa mga mensaheng sadyang pinaghirapan ni Rizal na maiparating sa kanyang mga kababayan.