Ang kwento ng 'Padre Millon' ay puno ng makabago at tradisyonal na mga tema na nagpapakita ng maraming aspeto ng ating lipunan. Una sa lahat, ang pangunahing tema ay ang pagsasalungat sa pagitan ng tradisyon at modernidad. Sa kwento, makikita ang mga tauhan na nahahati sa kanilang mga pananaw sa buhay, ngunit ang mga interaksyong ito ay nagiging dahilan ng mas malalim na pag-unawa sa kanilang mga sarili at sa isa't isa. Ang mga suliranin ng mga tauhan na may kagustuhang pasukin ang modernong mundo habang pinapahalagahan ang kanilang mga tradisyon ay katangi-tangi at tumutukoy sa maraming tao sa kasalukuyan.
Sobrang nakakatuwang tingnan ang tema ng pananampalataya at moral na mga dilema. Isang bahagi ng kwento ay nakatuon sa mga tauhan na nakararanas ng krisis sa kanilang pananampalataya at kung paano nila hinaharap ang mga pagsubok na ito. Ang mga katanungan tungkol sa kung ano ang tama at mali, at ang pagkakaiba ng mga moral na pamantayan sa lipunan ay nangingibabaw. Sa gitna ng mga pangyayaring ito, makikita ang pakikipagsapalaran ng mga tauhan na bumalik sa kanilang mga pinagmulan at hanapin ang tunay na kahulugan ng kanilang pananampalataya.
Isang interesado at mahalagang tema na hindi dapat kalimutan ay ang pag-ibig at sakripisyo. Ang kwento ay puno ng mga halimbawa ng mga tauhang handang magbigay ng lahat para sa kanilang mga mahal sa buhay, kahit na kinakailangan nilang harapin ang hindi pagkakaunawaan o pagsalungat mula sa kanilang komunidad. Nagbibigay ang tema ng pag-ibig ng iba't ibang kulay sa kwento na nagdadala sa atin sa mga emosyon mula sa kagalakan hanggang sa lungkot. Ang mga sakripisyo na ginagawa ng mga tauhan ay tunay na nakakagaan ng puso at nagtuturo ng mga mahalagang aral.
Huwag din kalimutang banggitin ang temang tungkol sa lipunan at mga pagsasacci sa pagitan ng mga tao. Ang 'Padre Millon' ay tumatalakay sa mga hidwaan ng iba’t ibang mga pangkat ng tao sa lipunan, na nakatutukso sa mga masalimuot na dinamiko ng kapangyarihan at ugnayan. Mula sa mga matatandang lider hanggang sa mga kabataang nabubuhay sa isang bagong panahon, makikita mo ang isang masalimuot na kalakaran na kung saan ang relasyon ng mga tao ay puwedeng maging sanhi ng pagkasira o pagbuo.
Sa pangkalahatan, ang mga tema ng 'Padre Millon' ay nakaugat sa tunay na karanasan ng buhay at lehitimong mga isyu na kinahaharap ng ating lipunan. Ang pagkakaiba-iba ng mga tema ay hindi lamang nagbigay ng lalim sa kwento kundi nakaengganyo rin sa mga mambabasa na suriin ang kanilang sariling pananaw at halaga sa buhay.